Salah satu masalah dalam pandemi ini adalah limbah medis infeksius dari COVID-19. Limbah infeksius ini merupakan limbah bahan berbahaya dan beracun atau limbah medis yang tergolong B3. Pandemi COVID-19 telah meningkatkan jumlah limbah medis infeksius di Indonesia dalam dua tahun terakhir, namun kemampuannya dalam mengolah limbah medis B3 masih terbatas, terutama di beberapa wilayah selain Pulau Jawa.
Contoh dari limbah medis Covid-19 adalah masker, APD Covid-19, limbah antigen swab, dan limbah vaksin. Salah satu perusahaan yang dapat mengolah limbah medis infeksius COVID-19 adalah PT. PRIA Surabaya dapat dioperasikan dengan insinerator dengan menggunakan prosedur operasi standar Covid-19 di seluruh Indonesia, khususnya di wilayah Jawa Bali.
Limbah infeksius adalah limbah yang terkontaminasi organisme patogen dalam jumlah yang cukup dan bersifat racun untuk menginfeksi manusia yang rentan. Jika limbah medis yang ditangani oleh pasien penyakit menular tidak dikelola dengan baik, dikhawatirkan dapat menyebabkan penularan penyakit pada pasien, staf, dan sekitarnya. Limbah infeksius meliputi masker bekas, sarung tangan bekas, pembalut bekas, saputangan bekas, plastik bekas minuman dan makanan, kertas bekas makanan dan minuman, spuit bekas, infus set bekas, alat pelindung diri bekas pakai, dll. Dan disediakan dalam bentuk sisa makanan dari pasien. Limbah infeksius sangat berbahaya tidak hanya bagi profesional kesehatan, tetapi juga bagi pengunjung dan pekerja limbah. Sangat penting untuk memutuskan mata rantai penularan dengan cara memusnahkan sampah infeksius COVID-19 secara tepat dan akurat. Untuk mengatasi hal tersebut, pemerintah melalui Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan (MLHK), telah mengeluarkan Surat Edaran No. SE.02/PSLB3/PLB.3/3/2020 tentang pengelolaan sampah infeksius (limbah B3 dan sampah rumah tangga dari Corona) Diterbitkan 2020 sebagai upaya penanganan limbah medis infeksius di seluruh indonesia. Untuk sampah medis dari rumah yang dirawat dengan penyakit virus (COVID-19), pemerintah daerah diwajibkan ikut menyiapkan sarana dan prasarana pemusnahan sampah dari fasilitas medis selama pandemi ini. Penanganan Limbah Medis Upaya ini diharapkan dapat semakin mengurangi risiko infeksi dan potensi wabah lainnya.